知网查重会去掉原文引用的主要原因在于其算法设计。为了确保查重的准确性和客观性，知网会对文本进行全文比对，将重复部分标记为抄袭内容并剔除。在此过程中，原文引用也会被视为与其他文献相似的内容而被删除。这是为了保证学术研究的严谨性和学术诚信。

此外，知网查重还考虑到了知识产权保护的需要。为了避免知识的滥用和侵权行为，知网查重系统会将原文引用视作潜在的知识重复，因此会将其排除在查重结果之外。这种做法有助于维护学术界的公平竞争环境，促进学术成果的创新和独立发展。